Dans une époque médiévale, les humains sont terrorisés par des êtres démoniaques capables de se fondre parmi eux. Leur seule chance de survie réside dans les mains des Claymores, des femmes hybrides mi-humaines mi-démons qui possèdent des pouvoirs gigantesques, dépassant même ceux des démons. Habitant d'un petit village, Raki rencontre l'une d'entre elles, envoyée en mission pour trouver et exterminer le démon qui décime les siens. Subjugué par la beauté de la jeune fille, il va aussi découvrir les terribles secrets qui se cachent derrière l'organisation Claymore et le destin tragique qui attend chacun de ses membres.